- Wydział Zarządzania EFS
- Wydział Obsługi Projektów EFS
- Wydział Wyboru Projektów EFS
- Wydział Obsługi Finansowej
- Wydział Organizacji i Kadr
- Samodzielne Stanowisko ds. Ochrony Danych Osobowych i Kontroli Wewnętrznej
- Wydział Prawny
- Wydział Kontroli EFS
- Wydział ds. Rynku Pracy
- Wydział ds. Świadczeń Pracowniczych
- Wydział Logistyki, Informatyki i Zamówień Publicznych
- Wydział ds. Mobilności Zawodowej
- Samodzielne Stanowisko ds. BHP i PPOŻ